중소기업 통합 시 취득 주식의 과세 기준액

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중소기업 간 사업 통합 과정에서 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득하는 주식 또는 지분의 가액을 어떻게 산정할 것인지를 두고, 대법원은 이를 **취득 주식의 시가** 자체로 보아야 한다고 판단했습니다.

이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 규정한 '통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액'이 무엇을 의미하는가였습니다. 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)은 제31조 제1항·제2항에서 중소기업 간 통합에 대한 세액감면 혜택을 규정하면서, 그 적용 요건 중 하나로 통합 시 취득하는 주식 또는 지분의 가액을 기준으로 삼고 있었습니다. 이때 해당 가액을 취득 주식의 **시가**로 볼 것인지, 아니면 별도의 산정 방식을 적용할 것인지가 다투어졌습니다.

법원은 조문의 문언, 법 체계, 그리고 해당 시행령 조항의 입법 취지를 종합적으로 검토한 결과, 위 '가액'은 통합으로 인하여 실제로 취득하는 주식 또는 지분의 **시가 자체**를 의미한다고 해석했습니다. 별도의 환산이나 조정 없이 시가를 그대로 적용하는 것이 조문의 자연스러운 의미에 부합하고, 관련 규정의 체계와도 일관된다는 것이 그 핵심 논거였습니다.

중소기업 간 통합은 세액감면이라는 정책적 혜택과 맞닿아 있는 만큼, 그 적용 요건을 어떻게 해석하느냐에 따라 감면 혜택의 범위가 달라질 수 있습니다. 통합 방식을 검토하거나 이미 통합을 진행한 기업이라면, 취득 주식의 가액 산정이 시가를 기준으로 이루어졌는지 확인하는 것이 과세 분쟁을 예방하는 데 중요한 출발점이 됩니다.