전산시스템 위탁개발 비용, 연구개발비 세액공제 대상인가

---

금융회사가 차세대 전산시스템 개발을 외부 업체에 위탁하고 지출한 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지를 두고 다툰 사건에서, 대법원은 해당 전산시스템 개발이 **과학기술활동**에 해당하지 않는다고 판단하여 세액공제를 부정했습니다.

이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구개발비 세액공제를 받으려면 어떤 요건을 갖춰야 하는가, 특히 위탁개발의 경우 그 활동이 같은 법 제9조 제5항에서 정한 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'에 해당해야 하는지 여부였습니다. 대법원은 이 조항의 의미를 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제5호의 '연구개발활동' 개념과 연계하여 해석했습니다. 두 규정은 OECD의 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발 개념을 기반으로 하고 있으며, 그 내용이 매우 유사하다는 점이 그 근거가 되었습니다.

대법원이 제시한 핵심 기준은 **결과의 불확실성**입니다. 연구개발비 세액공제 제도는 기업이 연구개발에 투자할 때 수반되는 시행착오와 실패의 위험을 세제 지원으로 보완함으로써 투자를 독려하려는 취지에서 마련된 것입니다. 따라서 과학기술활동으로 인정받으려면 단순히 기술을 활용하는 것을 넘어, 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 합니다. 위탁개발의 경우에는 위탁자뿐 아니라 실제 연구개발을 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 존재해야 한다고 보았습니다. 또한 여기서 말하는 '과학기술'은 자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단을 의미하며, 단순한 서비스활동의 위탁연구개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.

이 기준을 이 사건에 적용한 결과, 대법원은 해당 금융회사의 차세대 전산시스템 개발이 세액공제 대상이 아니라고 결론 내렸습니다. 문제의 전산시스템은 기존 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위해 당시의 정보기술을 활용하여 개발된 것이었습니다. 그 목표와 결과에 비추어 볼 때, 이는 정보기술 분야의 과학적·기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 해당 분야의 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없다는 것이 대법원의 판단이었습니다.

기업이 IT 시스템 개발이나 소프트웨어 구축 비용에 대해 연구개발비 세액공제를 검토할 때, 해당 개발이 업무 효율화나 서비스 개선을 목적으로 한 것인지, 아니면 기술적 불확실성을 해소하는 과정을 포함하는 것인지를 구분하는 것이 중요합니다. 개발 착수 시점부터 목표 설정, 수행 과정, 결과물에 이르기까지 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동임을 구체적으로 입증할 수 있어야 세액공제 적용 가능성이 열립니다. 세액공제 신청 이후 경정청구 거부나 과세처분을 받은 경우라면, 해당 개발 활동의 성격을 법적 기준에 맞추어 면밀히 검토할 필요가 있습니다.