세관 조사기간 초과 후 추가 조사, 위법한가

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외국 의류기업의 국내법인이 수입통관 과정에서 과세가격 산정을 다투다가, 세관공무원이 사전통지된 조사기간이 지난 뒤에도 자료 요청을 이어간 것이 세무조사권 남용에 해당하는지가 쟁점이 된 사건입니다. 법원은 해당 조사행위가 위법하지 않다고 판단했습니다.

사안의 배경은 이렇습니다. 甲 회사는 특수관계에 있는 그룹 본사 乙 회사와의 공급계약에 따라 제3국 위탁생산업체 명의의 상업송장 가격으로 수입신고를 마쳤습니다. 세관장은 2015년 8월 10일부터 28일까지를 조사기간으로 사전통지하였으나, 甲 회사가 乙 회사 발행 **대금청구서** 및 관련 자료를 조사종료일 직전 또는 그 이후에야 제출하면서 세관공무원은 종료일 이후에도 여러 차례 추가 자료를 요청하게 되었습니다. 세관장은 결국 해당 대금청구서에 기재된 미지급금액도 거래가격에 포함된다는 이유로 관세 등을 증액경정·고지하였고, 甲 회사는 조사기간 초과 자체가 절차 위반이라고 다투었습니다.

법원은 조사종료일 이후에 이루어진 일련의 행위가 세무조사권 남용이나 납세자의 **절차적 권리**에 대한 중대한 침해에 해당하지 않는다고 보았습니다. 그 근거로 세 가지를 들었습니다. 첫째, 조사기간이 연장된 직접적 원인은 甲 회사가 핵심 자료를 뒤늦게 제출한 데 있었습니다. 둘째, 종료일 이후의 조사행위는 누락된 과세자료를 수집하거나 이미 제출된 자료에 대한 추가 설명을 요구한 것에 그쳤고, 세관공무원이 甲 회사 사무실 등 현장을 직접 방문하여 질문조사권을 행사한 것은 아니었습니다. 셋째, 강요나 회유 등 불법적 수단이 동원된 바 없으며, 甲 회사도 해당 조사행위에 임의로 협력함으로써 묵시적으로 동의한 것으로 볼 수 있었습니다.

아울러 법원은 구 관세법 제111조 제2항이 규정하는 **재조사 금지** 원칙과 관련하여, 세관공무원의 행위가 이 조항이 적용되는 '조사'에 해당하는지는 조사의 목적과 경위, 질문조사의 대상·방법·내용, 획득한 자료, 조사의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 개별 사안마다 판단해야 한다고 밝혔습니다. 납세자를 접촉하여 상당한 기간에 걸쳐 질문검사권을 행사하고 과세에 필요한 자료를 체계적으로 수집·검사하는 일련의 행위가 있었다면 특별한 사정이 없는 한 재조사 금지 대상인 '조사'로 보아야 한다는 기준도 함께 제시하였습니다.

이 판결은 수입통관 과정에서 세관 조사를 받는 납세자에게 중요한 시사점을 줍니다. 조사기간 내에 관련 자료를 충실히 제출하지 않으면, 그로 인해 조사가 연장되더라도 절차 위반을 주장하기 어렵습니다. 반면 세관공무원이 현장 방문이나 질문검사권 행사 없이 단순히 자료 보완을 요청하는 수준에 그쳤다면, 그 행위가 재조사 금지 규정의 보호 범위에 들어오는지는 구체적 상황에 따라 달리 판단될 수 있습니다. 특수관계사 간 거래가격의 적정성을 다투는 상황이라면, 조사 초기 단계부터 과세가격 산정의 근거가 되는 계약서와 대금청구 자료를 빠짐없이 준비해 두는 것이 분쟁을 예방하는 데 도움이 됩니다.