위탁 연구개발비 세액공제, 수탁업체 전담부서 직접 수행 여부가 관건

---

새로운 매매체결 시스템 개발을 외부 업체에 위탁하고 지급한 비용이 연구개발비 세액공제 대상인지를 다툰 사건에서, 대법원은 위탁비용 자체의 성격과 개정 시행령의 적용 시기를 구분하여 판단해야 한다고 보았습니다. 세액공제 적용 여부는 단순히 위탁 사실만으로 결정되지 않으며, 어느 시점부터 어떤 규정이 적용되는지가 핵심 쟁점이었습니다.

이 사건에서 甲 회사는 2011년부터 2014년까지 수탁업체에 시스템 개발을 위탁하고 비용을 지급했습니다. 법원은 먼저 이 비용이 연구개발의 위탁비용에 해당하는지를 살폈습니다. 수탁업체가 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였고, 기존 시스템의 기능을 단순히 개선하는 수준을 넘어 알고리즘을 전면 재설계하였으며, 개발 과정에서 甲 회사와 수탁업체가 공동명의로 다수의 특허를 등록한 점이 확인되었습니다. 또한 용역계약에 도급계약과 유사한 조항이 포함되어 있었지만, 이는 통상적인 의무조항에 불과하고 개발 실패에 따른 손실 위험은 甲 회사가 종국적으로 부담하는 구조였습니다. 이러한 사정을 종합하여 법원은 해당 비용이 연구개발 결과물을 구입하기 위한 비용이 아니라 **연구개발 위탁비용**에 해당하고, 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 정한 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'에 해당한다고 판단했습니다.

그러나 위탁비용의 성격이 인정된다고 해서 세액공제가 곧바로 적용되는 것은 아닙니다. 구 조세특례제한법 시행령은 위탁 및 공동연구개발의 경우 일정한 요건을 갖춘 **위탁적격기관**에 용역을 위탁한 비용만을 세액공제 대상으로 규정하고 있습니다. 2013년 2월 개정된 시행령은 위탁적격기관 중 '국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등'에 관한 요건을 변경하여, 종전의 신성장동력산업·원천기술 분야 한정 규정 대신 **"전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다"**는 조건을 새로 추가했습니다.

이 개정규정이 언제부터 적용되는지가 이 사건의 또 다른 핵심이었습니다. 대법원은 관련 부칙의 문언, 입법 취지, 다른 조세법령의 입법례, 납세자의 예측가능성과 법적 안정성을 종합적으로 고려하여 개정규정은 **2013년 1월 1일부터 개시하는 과세연도 분부터 적용**된다고 판단했습니다. 따라서 甲 회사가 수탁업체에 지급한 비용 중 2013년과 2014년 사업연도에 발생한 부분은 수탁업체의 전담부서 등이 해당 연구개발용역을 직접 수행한 부분에 한정하여 세액공제 대상이 됩니다. 원심이 이 점을 심리하지 않은 채 지급 비용 전액에 세액공제를 적용한 것은 잘못이라고 대법원은 지적했습니다.

외부 업체에 연구개발을 위탁하고 세액공제를 신청하는 기업이라면, 위탁비용의 성격 외에도 수탁업체가 **위탁적격기관**에 해당하는지, 그리고 해당 연구개발용역을 수탁업체의 전담부서 등이 실제로 직접 수행했는지를 과세연도별로 구체적으로 확인해 두어야 합니다. 계약서상 위탁 형식을 갖추었더라도 실제 수행 주체와 수행 범위에 관한 증빙이 갖추어지지 않으면 세액공제가 부인될 수 있기 때문입니다.