국외특수관계인 거래와 이전가격 세무조사 — 거래순이익률방법의 적용 한계

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다국적기업 그룹 내 국외특수관계인으로부터 의료장비를 수입·판매한 국내 법인에 대해 과세관청이 이전가격 세무조정을 실시한 사안에서, 대법원은 과세관청의 비교대상업체 선정 방식이 합리적이었다고 판단하며 원심을 파기했습니다.

이전가격 세무조정이란, 국내 법인이 국외특수관계인과 거래할 때 정상가격보다 높은 가격으로 매입하거나 낮은 가격으로 매출하여 국내 과세소득이 줄어드는 경우, 과세관청이 그 차액을 익금에 산입하여 법인세를 경정하는 제도입니다. 이 사건에서 관할 세무서장은 甲 회사가 국외특수관계인들로부터 의료장비를 정상가격보다 고가로 매입했다고 보아 **거래순이익률방법**으로 정상가격을 산출하고 법인세를 경정·고지했습니다.

거래순이익률방법은 매출원가와 판매비·일반관리비 등 영업비용이 모두 반영된 영업이익률 지표에 기초하여 정상가격을 산출하는 방식입니다. 거래가격 자체를 비교하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법·원가가산방법과 달리, 상품의 차이나 거래단계 등 기능상 차이의 영향을 상대적으로 덜 받는다는 특성이 있습니다. 다만 국외특수관계자 거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고, 그 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 합리적인 차이 조정 없이는 비교 가능성이 높다고 볼 수 없어 그에 기초한 정상가격은 적법하지 않습니다. 반대로, 과세관청이 조건과 상황이 유사한 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 정상가격을 산출했다면, 거래품목이나 거래단계의 차이에 따른 별도 조정을 하지 않았다는 이유만으로 그 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없습니다.

이 사건의 핵심 쟁점은 甲 회사와 국외특수관계인들 사이에 의료장비 공급 거래와 **별도로** 독립적인 '유지보수서비스 지원 거래'가 존재했는지 여부였습니다. 원심은 이 별도 거래의 존재를 전제로 과세관청이 비교 가능성 평가 과정을 거치지 않았다는 점을 문제 삼았습니다. 그러나 대법원은 달리 판단했습니다. 甲 회사의 유지보수서비스 매출은 대부분 부품 판매에서 발생했고, 용역 제공 과정에서도 국외 제조사로부터 받은 기술 정보보다 국내 엔지니어의 기술과 숙련도가 더 중요했으며, 실제 대부분의 장비 고장도 국내 엔지니어들이 해결했습니다. 또한 의료장비·부품 공급 거래와 달리 '유지보수서비스 지원'에 관해서는 별도 계약서조차 작성되지 않았습니다. 이러한 사정들을 종합하면, 이른바 '유지보수서비스 지원 거래'는 다국적기업 차원의 기본적 제도·정책에 불과할 뿐 독립적인 거래로 보기 어렵다는 것이 대법원의 결론입니다.

이 판결은 이전가격 세무조정에서 과세관청의 비교대상업체 선정과 정상가격 산출 방식을 다투는 납세자 측과, 조정의 적법성을 방어하는 과세관청 측 모두에게 실질적인 기준을 제시합니다. 국외특수관계인과의 거래가 복수의 거래 유형으로 구성된 것처럼 보이더라도, 그 각각이 실질적으로 독립된 거래인지 아니면 하나의 거래에 부수하는 요소에 불과한지를 계약서 작성 여부, 수익 발생 구조, 실제 업무 수행 방식 등 구체적 사실관계에 기초하여 면밀히 검토하는 것이 중요합니다. 비교대상업체 선정의 적정성을 다투려면 단순히 거래품목이나 단계의 차이를 지적하는 것을 넘어, 그 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다는 점까지 구체적으로 입증해야 한다는 점도 이 판결이 확인한 부분입니다.